Pojem „stojaté vody“ znaméná, že jim chybí přítok a odtok?

Ano. Někdy jsou tak nazývány i vody, které mají zcela minimální přítok a odtok vzhledem k vodní ploše.

Ano.

Např. "Nejznámějšími stojatými vodami na Šumavě jsou ledovcová jezera, která jsou ponechána přirozenému vývoji, ačkoli v minulosti byla lidskou činností také ovlivněna.

Navýšené hráze ať již kvůli plavení dříví nebo z důvodu chovu ryb jsou nyní respektovanou historickou úpravou jezer.

Historicky významné bývaly i další stojaté vody – nádrže sloužící k plavení dřeva, z nichž ovšem většina již je zarůstající."

http://www.npsu­mava.cz/cz/5832/­572/clanek/

Správa NP nepodporuje vznik nových nebo obnovu historických nádrží v územích, které jsou ponechány samovolnému vývoji. Současně ale stávající nádrže nebo náhony jsou udržovány jako zařízení sloužící ochraně přírody a krajiny, ochraně památek nebo jinému veřejnému zájmu (požární nádrže).

Ne nutně. Ve stojatých vodách nepozorujeme proudění vody. Mohou to tedy být i přehrady a rybníky, ačkoliv přítok a odtok mají.