U jakých typů webů má smysl nasadit nativní HTML 5 ?

záleží, co na tom webu chcete mít.

používám php, html v podstatě jen na hlavičky webů.

Dnes u žádných, protože procento uživatelů IE je natolik obrovské, že buď musíte napsat web prakticky dvakrát – html 5 a normálně, což postrádá smysl, nebo se musíte smířit s tím, že polovině uživatelů nebude fungovat, což je nemyslitelné. Takže dalších pár let musíme zůstat u XHTML :)